Pierwszy drewniany kościół, potwierdzony w dokumentach źródłowych, pw. św. Małgorzaty, pochodził z XIV w., chociaż parafia już wcześniej wzmiankowana była jako siedziba tzw. dekanatu „leśnego”, co oznacza, że kościół musiał istnieć przed XIV w. Zachowany akt erekcyjny kościoła pw. św. Małgorzaty pochodzi z 1326 r. Kościół spłonął w 1554 r. Nowa murowana późnogotycka świątynia pw. św. Jadwigi Śląskiej została poświęcona przez biskupa krakowskiego Wojciech Lipnickiego w 1650 r.
Drugorzędną patronką parafii została św. Małgorzata. Świątynia była wielokrotnie remontowana, m.in. przez kolejnych właścicieli miasta. W 1839 r. zbudowano obecną murowaną dzwonnicę, wcześniejsza – drewniana – uległa zniszczeniu. Najstarszy gotycki dzwon pochodzi z 1423 r. Do rozbudowy kościoła przystąpiono w 1890 r. Dobudowano kruchtę, nową wieżę i przedłużono nawę główną o część chóralną. Było to możliwe dzięki finansowemu wsparciu rodziny Raczyńskich.
W latach 30. XX w. przebudowano sygnaturkę nad dachem nawy, nadając jej neogotycki charakter. We wnętrzu znajduje się m.in.: późnobarokowy ołtarz główny z I poł. XVIII w., ołtarz św. Anny z XVIII w., ołtarz św. Trójcy z lat 30. XIX w., barokowe organy z XVIII w., barokowym obraz św. Trójcy z XVIII w., obraz Jezusa Miłosiernego autorstwa Adolfa Hyły. W przedsionku do zakrystii zachowały się okute drzwi z przełomu XV i XVI w. Wokół kościoła do XVIII w. istniał cmentarz parafialny.
W podziemiu świątyni znajduje się krypta, w której spoczywa m.in. ks. Antoni Mikołaj Radziwiłł zmarły w 1778 r. kanonik katedry gnieźnieńskiej. W okresie międzywojennym kościół pełnił funkcję kościoła garnizonowego. W 2008 r., na wniosek Rady Miejskiej w Dębicy, papież Benedykt XVI ustanowił św. Jadwigę Śląską patronką miasta Dębicy.